Bioinformatik Bukan Lagi "Kotak Hitam": Perkhidmatan Penjujukan Cip| Analisis Data Standard

Perkhidmatan Penjujukan Cip telah beralih daripada eksperimen khusus kepada enjin penemuan arus perdana, membentuk semula cara saintis memahami peraturan genom dan penyakit. Barski dan rakan-rakan memprofilkan pengubahsuaian histon yang meluas dalam Cell (2007), ChIP-seq telah mempercepatkan bidang tersebut. Konsortium ENCODE, termasuk pasukan yang diketuai oleh Michael Snyder, menskalakan atlas faktor transkripsi, manakala kumpulan Richard A. Young menggunakan ChIP-seq untuk mentakrifkan rangkaian pluripotensi dalam sel stem. Di Longlight Technology, kami membina legasi ini dengan Perkhidmatan Penjujukan Cip bersepadu hujung ke hujung dengan Analisis Data Standard untuk meningkatkan kebolehulangan dan menukar data ChIP-seq kepada cerapan – mengalih keluar "kotak hitam" bioinformatik dan membolehkan keputusan yang yakin.

(Johnson, Mortazavi, Myers, Mendedahkan faktor transkripsi dan penyetempatan bersama pengubahsuaian histon

dan dinamik merentasi garis sel dengan menyepadukan data ChIP-seq dan RNA-seq, Sains (2007))

Apa yang Disampaikan oleh Perkhidmatan Penjujukan Cip

Imunoprecipitasi kromatin diikuti dengan penjujukan (ChIP-seq) menyoal interaksi protein-DNA merentasi genom. Dengan menangkap serpihan kromatin yang terikat oleh faktor transkripsi atau histon dan membacanya dengan penjujukan pemprosesan tinggi, Perkhidmatan Penjujukan Cip menyetempatkan tapak pengikatan, memetakan landskap pengubahsuaian histon dan mengukur perubahan penghunian di bawah keadaan yang berbeza.

Teknologi Longlight menyediakan aliran kerja sehenti: penyediaan sampel, ricih kromatin, pembinaan perpustakaan, penjujukan lanjutan dan analisis data yang ketat. Perkhidmatan kami sesuai untuk saiz sampel yang kecil, menyokong analisis gen atau kawasan tertentu berpandukan tujuan penyelidikan anda, dan menggunakan pemeriksaan kualiti yang ketat pada setiap pautan untuk memastikan ketepatan. Digabungkan dengan ultrasonikasi tertumpu kami untuk ricih kromatin yang tepat dan reagen dan bahan habis pakai berkualiti tinggi – termasuk tiub Qubit dan kit penyediaan perpustakaan yang disusun susun susun – kami menyampaikan laporan data lengkap dan data mentah dengan metrik kualiti telus.

(Pemprofilan Resolusi Tinggi Metilasi Histone dalam Genom Manusia)

Bioinformatik Bukan Lagi a “Kotak Hitam“

Cabaran dengan banyak Perkhidmatan Penjujukan Cip ialah ketidakkonsistenan: panggilan puncak berubah-ubah, normalisasi yang tidak setanding, QC legap dan penghantaran berpecah-belah. Teknologi Longlight menguatkuasakan piawaian seragam merentasi kitaran hayat analisis, memastikan konsistensi daripada penerimaan sampel kepada pelaporan tafsiran.

Saluran paip yang diselaraskan dengan kawalan yang disahkan dan keputusan yang boleh dijelaskan dan didokumenkan menyokong setiap larian. Matriks QC termasuk taburan saiz sisipan, indeks kerumitan perpustakaan, kualiti penjajaran (cth, kadar pemetaan), kadar pertindihan, bunyi latar belakang (cth, FRiP/SNR) dan kebolehulangan (cth, korelasi replikasi/IDR). Kami menyampaikan laporan komprehensif yang menghubungkan puncak kepada makna biologi – menghubungkan penghunian faktor transkripsi dengan program ekspresi gen, tanda histon dengan keadaan kromatin dan peristiwa pengikatan bersama dengan modul kawal selia. Dengan menguatkuasakan piawaian biasa untuk input, proses dan output, kami mencapai perbandingan merentas projek dan mengelakkan hanyut analisis. Bioinformatik menjadi boleh dikesan sepenuhnya, boleh diaudit dan sedia untuk membuat keputusan.

• Kebolehulangan Mengikut Reka Bentuk

• Enjin yang boleh dihasilkan semula: alat berbenih, disematkan versi, rujukan yang disahkan dan skema parameter setiap ujian.

• QC kuantitatif: metrik instrumen, pra-sejajar SNR/kualiti baca, FRiP/NSC/RSC pasca puncak, replika IDR.

• Pakej lengkap: data mentah/diproses, katalog puncak, selang beranotasi, serta konfigurasi dan asal masa jalan.

• Analisis yang disasarkan: menumpukan pada gen atau kawasan tertentu apabila projek memerlukan kesimpulan yang sempit dan dipacu hipotesis.

Mengapa Teknologi Longlight

Teknologi Longlight menyepadukan perkakasan makmal peringkat teratas dengan informatik yang teguh untuk meningkatkan Perkhidmatan Penjujukan Cip merentas tetapan akademik, klinikal dan industri.

• Pelaksanaan sehenti: Sediakan sel tetap atau tisu beku; Kami melengkapkan penyediaan, ricih, bangunan perpustakaan, penjujukan dan analisis bioinformatik.

• Boleh dipercayai mengikut reka bentuk: QC berterusan menunjukkan biologi yang anda minati - sehingga gen dan wilayah.

• Sampel kecil? Tiada masalah. Pendekatan mengutamakan kepekaan kami mengekstrak cerapan maksimum.

• Laporan yang bercakap bahasa anda – pengikatan TF, tanda histon, corak pengikatan bersama dan penjejakan Pol II.

• Timbunan bahan habis pakai bersatu memberikan konsistensi dari gel ke perpustakaan.

• Ultrasonik fokus: Ricih ketepatan yang meningkatkan kekhususan pengayaan dan meningkatkan prestasi perpustakaan.

• Daripada Sampel to Wawasan: tProses Perkhidmatan

Kami memudahkan peralihan daripada soalan biologi kepada jawapan yang yakin. Anda menyerahkan sel tetap atau tisu beku; Kami mengembalikan pandangan yang jelas dengan geseran minimum dan ketelusan yang lengkap.

• Pengambilan dan pengendalian piawai untuk mengekalkan kromatin.

• Sonication yang ditentukur untuk serpihan yang boleh dihasilkan semula, sesuai dengan sasaran.

• Ligasi / PCR seimbang untuk mengekalkan kerumitan perpustakaan.

• Kedalaman penjujukan dipadankan dengan matlamat TF/histon.

• QC berlapis dan diagnostik penjajaran.

• Analisis puncak/pembezaan/motif/pengikatan bersama dengan anotasi gen.

• Laporan, data, visual, dan ringkasan tafsiran.

Aplikasi and Kesan

Perkhidmatan Penjujukan Cip menerangi biologi kawal selia dalam konteks yang terdiri daripada perkembangan kepada penyakit. Dengan memetakan kehadiran protein di tapak genomik, anda boleh melukis peta penghunian protein dalam kawasan sasaran, ujian kejadian bersama tanda histon berhubung dengan ekspresi gen, dan kedudukan RNA polimerase II dan pengikatan trans-faktor dengan tepat. Dalam farmakologi, ChIP-seq menyokong kajian mekanisme tindakan; dalam R&D biofarmaseutikal, ia mengesahkan penglibatan sasaran; Dalam penyelidikan akademik, ia menyahkod program transkripsi yang mengawal nasib sel.

Pendekatan kami menghubungkan output ChIP-seq kepada naratif biologi. Analisis motif mendedahkan penentu jujukan pengikatan. Matriks pengikatan bersama menyerlahkan perkongsian kawal selia. Profil pengubahsuaian histon segmen keadaan kromatin. Anotasi bersepadu menghubungkan puncak kepada penganjur, penambah dan badan gen. Oleh kerana keseluruhan saluran paip diseragamkan, kajian membujur merentasi titik masa, keadaan sel atau rawatan menjadi setanding secara langsung, mengurangkan kekaburan dan mengukuhkan kesimpulan.

Panggilan tTindakan

Bersedia untuk saluran paip yang boleh dikesan dan puncak yang boleh dihasilkan semula? Untuk TF, histon atau Pol II ChIP-seq, hubungi Longlight untuk menempah perundingan, memulakan penyerahan sampel atau melawat laporan sampel dengan metrik QC. Kami akan membantu anda menukar data ChIP-seq kepada cerapan yang boleh diambil tindakan dengan Analisis Data Standard, QC hujung ke hujung dan penghantaran lengkap yang disesuaikan dengan matlamat penyelidikan anda.