Bagaimana Ultrasonik Ricih DNA Menyampaikan Serpihan Sedia NGS dalam Beberapa Minit

Ultrasonik Ricih DNA yang boleh dipercayai ialah asas penyediaan perpustakaan penjujukan generasi akan datang (NGS) yang konsisten; Kualiti pemecahan secara langsung menentukan keseragaman liputan, ketepatan panggilan varian dan kerumitan perpustakaan, membentuk setiap analisis hiliran. Apabila platform penjujukan maju dan pemprosesan sampel meningkat, makmal memerlukan instrumen yang mengekalkan integriti sampel sambil menghasilkan taburan saiz serpihan yang boleh dihasilkan semula.

Pengoptimuman Teknik Pemecahan DNA untuk

Maksimumkan Keseragaman Liputan Gen yang Berkaitan Secara Klinikal Menggunakan Penjujukan Genom Keseluruhan

Penggerak Ultranonik Tertumpu (FUA) menggunakan BoFU-800 Focal Ultrasonicator daripada Teknologi Longlight untuk memenuhi keperluan makmal. Buat pertama kalinya, makmal boleh mempunyai serpihan DNA sedia NGS dalam masa beberapa minit.

Kepentingan NGS dan Nilai Ricih DNA DNA yang Cekap

Bertentangan dengan kepercayaan umum, pemecahan DNA bukanlah langkah pertama dalam prosedur pemprosesan. Kualiti data yang dihasilkan adalah hasil langsung daripada serpihan saiz yang dihasilkan. Mencapai liputan varian frekuensi rendah yang mencukupi hendaklah di sekitar taburan Poisson. Pemecahan DNA harus cukup ketat sehingga menyumbang kepada perpustakaan ketumpatan yang lebih tinggi, dan varian teragih Poisson tidak boleh dikelirukan dengan variasi nombor salinan yang timbul daripada titik putus liputan rendah.

Walaupun kos awal pemecahan enzim jauh lebih rendah, kecenderungan jujukan adalah lebih biasa. Bias ini cenderung menghasilkan lebih banyak varians dalam data yang dikumpulkan. Banyak kajian yang dijalankan oleh Discovery Life Sciences yang telah disiapkan menunjukkan bahawa saiz yang lebih konsisten untuk serpihan diperoleh dengan kaedah ricih pemecahan DNA daripada sampel FFPE input rendah. Untuk aliran kerja dalam persekitaran makmal yang mempunyai isipadu sampel yang sangat rendah atau di mana pemeliharaan sampel menjadi kebimbangan, kebolehramalan pemecahan mekanikal ini adalah kelebihan yang berbeza.

Ultrasonik ricih DNA yang Tertumpu lwn Sonicator Tradisional

Ultrasonik Ricih DNA Tertumpu menggunakan ultrasound frekuensi tinggi tertumpu pada sampel. Berbeza dengan ini, sonicator jenis probe dan mandian air konvensional menggunakan tenaga tersebar dan memerlukan sentuhan langsung dengan sampel.

Contoh sistem ini termasuk BoFU-800 dan penggunaan teknologi ultrasound confocal, yang membawa kepada perkara berikut.

1. Pemecahan terkawal dan boleh diulang: kejadian lebar puncak dan nadi boleh ditala kepada DNA yang akan dipecahkan, contohnya, dalam julat 300 hingga 600 bp untuk Penjujukan Genom Keseluruhan (WGS), atau 250 hingga 350 bp untuk Penjujukan Exome Keseluruhan (WES).

2. Pemprosesan sampel tanpa sentuhan: sampel tidak perlu diambil daripada tiub gred tinggi, pra-tertutup, ketat yang dikekalkan, dan penutupan hermetik untuk sampel untuk memastikan sampel atau mana-mana bahan nuklear yang mengandungi bahan nuklear yang berharga tidak rosak.

3. Operasi suhu rendah yang benar: sistem pemeluwapan adalah gred tinggi yang membawa kepada keseimbangan isoterma in situ tanpa rantaian peristiwa tindak balas endotermik atau penjelasan yang disebabkan oleh suhu tinggi kepada sampel yang tertakluk kepada letupan tenaga yang sangat tinggi.

Apabila kuasa kejadian puncak ditentukur dengan sewajarnya, saiz serpihan sekecil 120-150 bp boleh dicapai secara boleh dihasilkan semula merentas berbilang sampel. BoFU-800 boleh memproses 1 hingga 8 sampel secara serentak, dengan tetapan keadaan bebas setiap telaga atau mod kumpulan untuk keseragaman satu klik—memberikan fleksibiliti makmal tanpa mengorbankan konsistensi.

Daripada Sampel kepada Penjujukan-Perpustakaan Sedia dalam Beberapa Minit

Kecekapan masa adalah satu kemestian dalam persekitaran makmal yang sibuk. Ultrasonik Ricih DNA yang canggih boleh meningkatkan kecekapan aliran kerja:

• Mengurangkan masa hands-on: BoFU-800 dilengkapi dengan sistem pengendalian bersepadu, bermakna komputer luaran tidak lagi diperlukan dan kekacauan bangku dikurangkan.

• Fleksibiliti pemprosesan masa nyata: Mod percuma membolehkan rawatan individu bagi setiap sampel manakala mod pemprosesan kumpulan menggunakan parameter yang sama untuk keseluruhan kumpulan untuk pemprosesan yang cekap masa.

• Kesediaan analisis serpihan pantas: Saiz serpihan sempit dan konsisten yang dihasilkan oleh ultrasonikasi tertumpu menghilangkan keperluan untuk langkah penyediaan perpustakaan yang memakan masa.

Dalam persekitaran dengan pemprosesan sampel klinikal dan masa pemulihan yang diukur dalam hari, bukan minggu, semua perkara di atas sama dengan keputusan kes makmal yang lebih cepat. Peranti ini mempunyai saliran automatik dengan penyingkiran sisa satu klik, penderia paras air terbina dalam dengan sistem amaran awal, dan kitaran operasi yang cekap masa, mengurangkan masa henti kumpulan dan meningkatkan masa operasi berterusan kepada saiz subunit.

Keserasian dengan Sukar dan Rendah-Sampel Input

Ultrasonicator Ricih DNA sebenar memanfaatkan ciri pemprosesan sampel yang unik apabila pemprosesan sampel sukar. Tisu FFPE, biopsi cecair, dan spesimen klinikal yang terdegradasi, antara lain, membentangkan pemprosesan spesimen yang paling sukar dan mencabar yang tersedia untuk makmal moden. Kaedah pengekstrakan sampel dan ricih tradisional tidak boleh diangkut secara rasional dan boleh diterima pakai kepada kebolehubahan yang melampau dan cabaran pemprosesan spesimen, yang membawa kepada saiz serpihan yang sakit dan tidak praktikal, atau kegagalan keseluruhan penyediaan perpustakaan.

Ultrasonication tertumpu membantu mengurangkan kebimbangan ini. Apabila digabungkan dengan protokol pengekstrakan, pengekstrakan yang dipertingkatkan akustik menghasilkan metrik kualiti yang lebih baik daripada sampel FFPE yang diarkibkan jika dibandingkan dengan kaedah berasaskan lajur konvensional. BoFU-800 memperluaskan fungsi kepada langkah ricih itu sendiri:

• Keserasian input rendah: Sistem ini berkesan mencukur DNA untuk aplikasi volum kecil, mencapai kebolehpulihan yang tinggi.

• Deparaffinisasi tisu FFPE dan pengekstrakan DNA: Prinsip ultrasound tertumpu yang sama membantu aliran kerja daripada blok tisu tumor dan sampel biopsi cecair.

• Ricih kromatin untuk ChIP-seq: Selain ricih DNA, peranti ini boleh digunakan untuk imunopemendakan kromatin, menyediakan fungsi untuk penyelidikan epigenetik makmal.

• Keupayaan sistem untuk memotong dinding sel tahan ricih dan memelihara analit hiliran meningkatkan kecekapan penyelidik menggunakan kulat berfilamen atau MALDI-TOF MS untuk pengenalpastian Mycobacterium.

Bagaimanakah penyediaan perpustakaan yang berjaya dicapai untuk sampel input berkualiti rendah dan rendah?

Teknologi penyediaan perpustakaan untai tunggal meningkatkan kadar kejayaan dengan ketara!

Pemprosesan kumpulan BoFU-800 dan rangkaian fungsi hasil yang boleh dihasilkan semula memberikan penyelesaian yang fleksibel kepada penyediaan perpustakaan automatik sebagai komponen penting dalam penjujukan hujung ke hujung yang boleh diramalkan.

Instrumen baca panjang memerlukan serpihan 10 kbp atau lebih besar tanpa berat sebelah. Penyelidikan telah meneroka penggunaan manik untuk mencapai ricih 10-20 kbp untuk penjujukan molekul tunggal. BoFU-800 dioptimumkan untuk ricih kepada julat 150-600 bp, tetapi akustik tertumpu juga menawarkan potensi ricih mekanikal untuk berskala dengan penjujukan.

Ultrasonik Ricih DNA yang merangkumi julat ricih yang luas memberikan fleksibiliti kepada percubaan untuk memenuhi aplikasi yang pelbagai.

Membina Aliran Kerja NGS yang Konsisten

Dalam genomik, mata wang terbaik yang boleh dimiliki ialah kebolehulangan. Malangnya, setiap kaedah persediaan perpustakaan mendedahkan makmal kepada sejumlah kebolehubahan teknikal. Objektif setiap syarikat teknologi adalah untuk merekayasa peranti mereka untuk mengurangkan kebolehubahan kepada minimum. Ultrasonicator Ricih DNA yang ditentukur kilang (dengan pembinaan yang betul) memberi manfaat kepada anda dengan:

1. Penggunaan instrumen yang boleh dipercayai: Memandangkan kesemuanya menyampaikan jumlah tenaga yang sama bagi setiap sampel dengan baik, semua insurans Ultrasonicator adalah salah satu jenis penentukuran kilang.

2. Sejarah pemprosesan sampel: Ultrasonicator mendokumentasikan parameter dan syarat pemprosesan, dan memberikan pengendali keupayaan untuk mengakses ketelusan data eksperimen penuh dan kesediaan audit.

3. Meminimumkan kebolehubahan pengendali: Kerana pemprosesan kumpulan dan risiko kebolehubahan pengendali dihapuskan.

Ciri-ciri ini bukan sekadar peningkatan kemudahan; Ia adalah prasyarat untuk beralih daripada penyelidikan berskala penemuan kepada aplikasi diagnostik terkawal di mana konsistensi merentas kumpulan dan pengendali adalah wajib.

Kesimpulan

Genomik moden menuntut pemprosesan yang lebih tinggi, input yang lebih rendah dan kawalan kualiti yang lebih ketat. Ultrasonik Ricih DNA seperti BoFU-800 menyampaikan serpihan sedia NGS dalam beberapa minit melalui tenaga akustik terfokus, pemprosesan tanpa sentuhan dan kawalan suhu sebenar dalam reka bentuk yang padat dan mesra kelompok. Dengan mendayakan pemecahan yang konsisten merentas 1–8 sampel dan menyokong aplikasi daripada pengekstrakan FFPE kepada ricih kromatin, BoFU-800 membantu makmal mencapai kebolehulangan dan kecekapan yang diperlukan oleh keputusan NGS yang boleh dipercayai—kurang penyelesaian masalah, lebih banyak penemuan.

Terokai Ultrasonik Tertumpu BoFU-800 dan minta sebut harga di www.longlight.com.

Soalan Lazim

S: Bolehkah BoFU-800 ricih DNA untuk NGS dengan cepat?

J: Kelajuan pemecahan bergantung kepada sampel. Kebanyakan sampel berpecah ke julat sasaran antara 150-600bp dalam masa beberapa minit sahaja.

S: Bolehkah sampel rosak akibat pemanasan apabila menggunakan ultrasonik fokus?

J: BoFU-800 cuba mengawal suhu menjadi isothermal. Oleh itu, sampel tidak rosak akibat pemanasan.

S: Bolehkah saya memproses sampel dengan keadaan yang berbeza-beza dalam satu larian?

J: Ya. Mod percuma membolehkan anda menetapkan parameter untuk semua 8 telaga secara bebas, manakala mod kumpulan akan menetapkan parameter yang sama untuk semua telaga.

S: Bolehkah BoFU-800 digunakan dengan sampel input rendah atau sampel FFPE? J: Ya. Akustik tertumpu mampu menggunakan walaupun 1 ng DNA. Penggunaan tiub tertutup juga membantu untuk pemeliharaan sampel yang diekstrak FFPE.

S: Adakah saya perlu mempunyai komputer saya sendiri untuk mengendalikan peranti?

J: Tidak. BoFU-800 mempunyai sistem pengendalian terbina dalam jadi anda tidak memerlukan komputer tambahan. Oleh itu, mengambil lebih sedikit ruang di bangku simpanan untuk persediaan.