Ultrasonikat Fokus Aliran Sederhana: Bilakah 8 Posisi Sampel Lebih Masuk Akal?

Di banyak makmal terdapat zon perantaraan yang rumit.

Ia mengambil masa terlalu lama jika anda mengambil satu sampel pada satu masa. Enam belas atau lebih posisi kedengaran baik, tetapi mungkin jarang enam belas sampel tersedia dalam keadaan yang sama di makmal.

Di sinilah ultrasonikat fokus yang beroperasi secara sederhana menjadi menarik!

Dalam perbincangan ini, "mid-throughput" bukan sekadar nombor yang dicetak pada helaian spesifikasi. Ia terpakai kepada makmal di mana beberapa sampel biasanya diproses pada satu masa, namun mahukan fleksibiliti untuk memproses kelompok yang tidak lengkap, jenis sampel yang berbeza atau keadaan akustik yang berbeza.

Yang Ultrasonik Fokus BoFU-800 dari Longlight menyediakan pemprosesan 1 - 8 sampel serentak dengan 8 posisi sampel, sama ada sebagai keadaan sampel individu atau pemprosesan kelompok. Itu boleh menjadi contoh yang baik untuk dipertimbangkan apabila membincangkan soalan operasi, bukan hanya teknologi.

Mid-Throughput Sebenarnya Masalah Penjadualan: Terdapat dua pendekatan untuk penjadualan. Terdapat dua pendekatan dalam penjadualan.

Apabila mempertimbangkan bilangan telaga yang dimiliki oleh sesuatu alat, mula-mula fikirkan apa yang biasanya berakhir di atas bangku tersebut.

Berapa banyak sampel yang mereka dapat pada hari Selasa biasa?

Bukan projek paling besar tahun ini. Bukan jumlah yang makmal mahu proses selepas pengembangan. Barisan biasa lebih berguna.

Pada waktu pagi, kumpulan genomik boleh mendapatkan 4 sampel DNA; selepas makan tengah hari, 3 sampel kromatin; selepas makan tengah hari, 2 sampel FFPE dengan protokol berbeza. Pada hari itu, makmal sebenarnya mempunyai sembilan sampel, tetapi tidak satu kumpulan sembilan sampel.

Itu memberi perbezaan dalam pilihan peralatan.

Bagi sesetengah platform, beberapa jawatan tambahan yang mereka ada mungkin digunakan untuk kerja yang kurang berguna dalam sehari kerana penyelidik tidak menunggu sehingga rak lengkap untuk bermula.

Dalam larian, kedudukan kosong tidak sepatutnya menghentikan larian.

Ciri berguna platform aliran sederhana ialah ia boleh digunakan untuk melakukan batch separa tanpa menimbulkan masalah aliran kerja dengan kedudukan yang tidak digunakan.

Mod pemprosesan sampel percuma dalam BoFU-800 membolehkan pemprosesan 1–8 sampel dengan syarat yang disesuaikan untuk setiap sampel individu. Walau bagaimanapun, ia bukan dalam mod masa nyata, tetapi dalam kelompok, yang sesuai untuk sampel yang sebenarnya mempunyai keperluan pemprosesan yang sama.

Apa yang nampak seperti perbezaan kecil sebenarnya tidak begitu penting seperti yang disangka.

Makmal sepatutnya boleh melakukan enam sampel jika terdapat enam sampel yang sedia. Jika 4 adalah dari satu protokol, dan 2 adalah dari protokol lain yang berbeza, maka timbul persoalan sama ada instrumen boleh menampung kerja sebenar atau kerja boleh menampung instrumen.

Ultrasonikasi fokus adalah sebahagian daripada Longlight Ricih DNA/RNA portfolio alat pemecahan asid nukleik dan penyediaan sampel NGS. Fleksibiliti dengan sampel masuk boleh menjadi sama penting dengan bilangan saluran, dalam persekitaran tersebut.

Terdapat dua mod berbeza: Mod Bebas dan Mod Kelompok

Istilah "pemprosesan kelompok" secara semula jadi bermaksud ia lebih cekap.

Kadang-kadang memang begitu.

Untuk lapan sampel DNA yang serupa, hanya satu set syarat perlu dimasukkan dan ia boleh diproses sebagai satu kumpulan, meminimumkan persediaan berulang.

Namun, kerja penyelidikan campuran tidak seperti itu.

Sampel daripada projek yang tidak berkaitan boleh diberikan kepada kemudahan teras. Satu makmal NGS mungkin bekerja dengan fragmentasi DNA manakala projek lain memerlukan pemotongan kromatin. Dalam situasi sebegini, tiada gunanya mempunyai pelbagai posisi, kerana semuanya dipaksa menjadi satu kaedah yang sama.

Oleh itu, perbandingan yang relevan bukanlah manual berbanding kelompok.

Ia adalah:

Bilakah masuk akal untuk menggunakan protokol bersama; Bilakah masuk akal untuk mempunyai protokol bebas?

Apabila sistem boleh melakukan kedua-duanya tanpa menjadikan mana-mana proses rumit secara tidak perlu, ia adalah sistem aliran sederhana.

Anda perlu ada lapan sampel, itu lapan rekod!

Satu lagi isu dengan throughput ialah mengekalkan pengetahuan tentang apa yang berlaku kepada setiap sampel.

Satu tiub kadang-kadang boleh membuat operator mengingati dan menaip semula larian dari buku nota.

Tetapi dengan beberapa sampel, ia tidak semudah itu.

Kebolehulangan termasuk identiti sampel, syarat terpilih, sejarah larian dan perubahan kaedah. Menurut Longlight, maklumat pemprosesan BoFU-800 boleh diambil semula selepas dijalankan, yang akan membantu merekod pemprosesan sampel. Sistem ini juga dilengkapi dengan sistem pengendalian terbina dalam, dan tidak memerlukan komputer luaran.

Ini terutamanya benar dalam kes makmal berkongsi. Pengendali kaedah enam bulan dari masa pembangunan mungkin bukan orang yang sama.

Kebergantungan pada memori kemudian harus diminimumkan dengan peningkatan isipadu sampel untuk aliran kerja aliran kerja sederhana.

Sistem kawalan suhu mesti mampu berfungsi sepanjang batch.

Penambahan kedudukan tidak seharusnya diikuti dengan penambahan keadaan sampel yang tidak terkawal.

Pengenalan tenaga akustik ke dalam persekitaran sampel melalui pemprosesan ultrasound yang fokus melibatkan pengurusan terma. BoFU-800 menggunakan sistem pemprosesan suhu rendah dan suhu tetap, pengesanan suhu dan kawalan suhu dilakukan di kawasan sampel. Ia juga membolehkan sampel diproses dalam tiub tertutup, menggunakan medium akustik, dan bukan sentuhan probe secara langsung.

Soalan utama untuk makmal ialah "bagaimana"?

Adakah boleh diterima untuk bilangan sampel ditingkatkan tanpa menjejaskan kawalan alam sekitar umum kaedah yang telah disahkan?

Ini lebih berguna daripada menilai throughput secara bersendirian ke kawalan proses.

Sebenarnya, adakah anda perlukan lebih daripada lapan jawatan?

Dalam beberapa kes, jawapannya adalah ya.

Apabila makmal menemui sampel yang lebih besar daripada lapan secara berkala, dan sampel-sampel ini siap serentak, beralih ke platform yang lebih besar boleh mengurangkan larian ulang.

Posisi sampel 16 Ultrasonik Fokus BoFU-1600 mempunyai fleksibiliti pemprosesan yang sama seperti sistem lapan posisi – ia boleh digunakan untuk pemprosesan sampel percuma 1-16 atau pemprosesan kelompok.

Di pihak lain, makmal yang kebanyakannya menjalankan sampel penyelidikan individu mungkin lebih suka platform bersepadu yang lebih ringkas seperti Ultrasonik Fokus BoFU-100, Tempat cahaya panjang untuk pemotongan DNA, RNA dan kromatin, pemecahan genom NGS, pemprosesan FFPE dan gangguan sampel biologi.

Itu pilihan yang lebih produktif daripada "lebih besar lebih baik.

Kapasiti yang paling sesuai untuk barisan sampel biasa dengan menunggu paling sedikit dan kapasiti yang tidak digunakan serta penggabungan yang tidak perlu adalah kapasiti yang betul.

Sebelum anda memilih, lihat Makmal selama seminggu.

Salah satu latihan pemilihan peralatan yang paling mudah dilakukan tanpa menggunakan sebarang peralatan.

Lakukan pemerhatian makmal selama 5 hari bekerja.

Tulis bilangan sampel yang diterima serentak, bilangan sampel yang menggunakan kaedah yang sama, kekerapan menunggu sehingga anda mempunyai kumpulan untuk dibentuk, kekerapan aplikasi bertindih, dan bagaimana rupa kumpulan "normal" terbesar.

Hasilnya lebih membantu daripada bermula dengan bilangan sampel terbanyak dalam katalog.

Selain menjadi stesen kerja bebas, makmal juga harus mengambil kira peranan ultrasonikasi fokus dalam konteks penulenan, kuantifikasi asid nukleik dan prosedur analitik hiliran.

Semakan Pemilihan Akhir

Bagi makmal yang memerlukan pemprosesan selari, tetapi masih mempunyai bilangan sampel dan protokol yang berbeza-beza, ultrasonikator berfokus pada kelajuan sederhana adalah pilihan paling logik.

Sebelum memilih satu, anda perlu bertanya kepada diri sendiri 4 soalan:

Biasanya berapa banyak sampel yang tiba bersama-sama? Berapa kerap sampel itu menggunakan kaedah yang sama secara tepat? Apakah nilai fleksibiliti bagi setiap sampel? Dan bagaimana pula dengan jumlah kebolehlacakan run yang diperlukan apabila beberapa penyelidik menggunakan sistem yang sama?

Tetapi sistem mid-throughput terbaik bukanlah yang berada di tengah-tengah antara dua spesifikasi produk yang lebih besar.

Ini adalah yang paling serasi dengan realiti ketibaan sampel di bangku.

Soalan lazim

S1. Ultrasonikat fokus untuk output sederhana adalah alat yang direka untuk memproses jumlah kecil sampel dengan intensiti tinggi tetapi ultrasound amplitud rendah.

Ia adalah sistem pemprosesan sampel akustik yang fokus tunggal untuk makmal dengan bilangan sampel yang tinggi untuk diproses bersama, tetapi tidak semestinya diproses dalam perjalanan berkapasiti tinggi yang besar. Kapasiti berbeza mengikut sistem.

S2. Apakah jumlah maksimum sampel yang boleh diproses oleh BoFU-800?

BoFU-800 mempunyai lapan posisi sampel dan boleh memproses secara fleksibel dari 1–8 sampel. Ia boleh disesuaikan secara individu atau parameter kelompok boleh dimasukkan.

S3. Adakah kesemua lapan jawatan perlu diisi?

Tidak. Mod pemprosesan sampel bebas BoFU-800 hanya memproses 1–8 sampel, oleh itu tidak perlu memproses satu kumpulan penuh 8 sampel.

S4. Apakah perbezaan antara mod bebas dan mod kelompok?

Dalam mod bebas, setiap sampel boleh diproses menggunakan keadaan pemprosesan individu. Mod kelompok direka untuk jenis sampel yang sama yang boleh diproses menggunakan parameter pemprosesan yang sama.

S5. Situasi manakah yang memerlukan makmal mempertimbangkan sistem 16 posisi?

Apabila kumpulan dijalankan secara konsisten lebih besar daripada lapan dan sampel biasanya tersedia untuk pemprosesan selari, platform yang lebih besar boleh membantu meminimumkan ulangan. BoFU-1600 menawarkan 16 posisi sampel dalam mod pemprosesan fleksibel & kelompok.